Độc Cô Tín vốn có tên là Như Nguyện (如愿), tên Tiên Ti là Kỳ Di Đầu (期弥头), người trấn Vũ Xuyên (nay là tây nam Vũ Xuyên, Nội Mông), nguyên quán Vân Trung (nay là Đại Đồng, Sơn Tây). Đầu thời Bắc Ngụy, có khoảng 40 bộ lạc (theo Chu thư là 36) tung hoành ở Hoa Bắc, trong đó bộ lạc Độc Cô - là người Hung Nô đã Tiên Ti hóa - đời đời liên kết với bộ lạc Thác Bạt. Hai người cô của Đạo Vũ đế Thác Bạt Khuê được gả cho bộ lạc Độc Cô, bà nội của Đạo Vũ đế và mẹ đẻ của Minh Nguyên đế Thác Bạt Tự đều mang họ Độc Cô.

Tổ tiên của Độc Cô Như Nguyện là Phục Lưu Truân từng nhậm chức Đại Nhân trong bộ lạc, đầu thời Bắc Ngụy là một trong những quan chức trọng yếu nhất. Ông nội là Sĩ Ni, trong những năm Hòa Bình (460 -465) dời bộ lạc từ Vân Trung đến Vũ Xuyên, tham gia việc đồn trú ở biên cương phía bắc, đảm nhiệm Ốc Dã trấn tướng. Cha là Độc Cô Khố (獨孤庫) kế nhiệm làm Lĩnh dân tù trưởng, anh dũng hào sảng, có khí tiết, trọng nhân nghĩa, người phương bắc rất kính phục. Mẹ là Phí Liên thị (費連氏), quý tộc xuất thân.